تعتبر الآفات الزراعية إحدى المصادر الخطرة على المحاصيل الزراعية كونها تؤدي إلى تدهور و تدني المعدلات الإنتاجية واتلاف المحاصيل وهذا يؤدي في الأخير إلى نقص الغذاء للسكان . غير أن مكتب الزراعة والري بذل جهوداً كبيرة في مكافحة هذه الآفات والأمراض والحد من انتشارها .
        وتضم إدارة وقاية النبات بمكتب الزراعة والري م/ حضرموت بالساحل قسمين هما :
1. قسم الحجر النباتي الذي ينقسم إلى شعبتين شعبة بميناء المكلا وشعبة بمطار الريان وهذا يعتبر توسع للتشكيلات الإدارية التي استوعبته طبيعة العمل الفني الخاص  بإدارة وقاية النبات بالمكتب .
2. قسم الحملات : وهو ينقسم على شعبتين وذلك حسب الظروف الزراعية التقليدية القائمة بالشريط الساحلي م/ حضرموت وهي شعبة للتحريات المستعجلة ذات الأثر السريع الفعال بشأن حشرة دوباس النخيل المنتشرة في بعض مناطق الشريط الساحلي .
  والشعبة الأخرى هي شعبة المكافحة الكيماوية ضد الآفات والأمراض المستوطنة والآفات الرحاّلة .
المهام المناطة بإدارة وقاية النبات بالمكتب :
تنحصر المهام فيما يأتي :
1. المكافحة الكيماوية والحصر والتفتيش عن الآفات المستوطنة والآفات الرحاّلة .
2. عدم دخول أي أوبئة نباتية من المنافذ الجمركية .
3. تطبيق قانون المبيدات وقانون المخصبات وقانون الحجر النباتي .
الخدمات التي تقدمها الإدارة :
1. القيام بالمكافحة الكيماوية في المزارع .
2. تقديم الاستشارة الفنية للمزارعين .
3. النزولات الميدانية للتحريات الحقليه .
4. القيام بالمكافحة الكيماوية ضد آفة الأرضة بالمؤسسات الحكومية .
5. تنجر المواد المصابة بالحشرات المستوردة من الخارج .